Se detectaron 98 especies que se detallan en el Anexo 1. Se trata de especies reproductoras en la zona en todos los casos. El mapa de distribución y los hábitats utilizados por cada una se incluye en el apartado ‘Índice de especies’.
 
Las especies más ampliamente distribuidas o más comunes, según el número de cuadrículas y por orden de importancia, son: pinzón vulgar, carbonero garrapinos, petirrojo europeo, escribano montesino, acentor común, chochín paleártico, herrerillo capuchino y curruca capirotada. Estas ocho especies están presentes en más del 35 % de cuadrículas que ocupan el área de estudio considerada. Se podrían considerar otros tres grandes bloques además de las anteriores:
 

• Especies más o menos comunes (21) que están presentes entre el 15 % y el 50 % de las cuadrículas consideradas (Anexo 1): escribano montesino, acentor común, chochín paleártico, herrerillo capuchino, curruca capirotada, agateador europeo, reyezuelo listado, alondra totovía, buitre leonado, zorzal charlo, mirlo común, alondra común, tarabilla europea, mosquitero papialbo, paloma torcaz, arrendajo euroasiático, cuco común, buitre negro, collalba gris, cuervo grande y carbonero común.

• Especies poco frecuentes (19), que están presentes solo entre el 5 % y el 15 % de las cuadrículas (Anexo 1): pico picapinos, reyezuelo sencillo, pardillo común, escribano hortelano, corneja negra, colirrojo tizón, trepador azul, piquituerto común, herrerillo común, serín verdecillo, curruca carrasqueña occidental, mito común, curruca mirlona occidental, bisbita campestre, mosquitero común, curruca zarcera, águila calzada, curruca rabilarga, y roquero rojo.

• Especies muy localizadas (55), que solo están presentes en menos del 5 % de las cuadrículas (Anexo 1):  bisbita alpino, ruiseñor común, curruca mosquitera, papamoscas cerrojillo, perdiz roja, pito ibérico, chova piquirroja, verderón serrano, busardo ratonero, roquero solitario, vencejo común, milano real, ruiseñor pechiazul, codorniz común, avión roquero, bisbita arbóreo, curruca cabecinegra, zarcero políglota, lavandera cascadeña, curruca tomillera, escribano soteño, alcaudón dorsirrojo, rabilargo ibérico, zorzal común, jilguero europeo, estornino negro, águila real, milano negro, chotacabras europeo, golondrina dáurica, azor común, gavilán común, escribano triguero, verderón común, gorrión chillón, gorrión común, cernícalo vulgar, lavandera blanca, alcaudón real, abubilla común, culebrera europea, cogujada montesina, golondrina común, lavandera boyera, oropéndola europea, halcón peregrino, abejero europeo, águila perdicera, picogordo común, alcaudón común, papamoscas gris, águila imperial ibérica, mirlo acuático europeo, urraca común y tórtola europea.

 
Además de las especies localizadas con indicios de reproducción, también se identificaron otras que se consideran en migración o que son producto de observaciones puntuales, dada la movilidad de este grupo de fauna y que pueden originar avistamientos de ejemplares dispersos de casi cualquier especie en casi cualquier lugar. Se trata de: avión común occidental, colirrojo real, mosquitero musical, terrera común, tórtola turca y pinzón real.

Inventario de especies por cuadrícula UTM 1X1 KM

El número de especies presente en cada cuadrícula representa la riqueza específica por zonas en el parque, o la riqueza específica resultante en cada cuadrícula de forma individual. Las cuadrículas 1×1 km representadas en color oscuro en la figura 1 representan las mayores abundancias específicas para el parque nacional.

Las cuadrículas con un mayor número de especies (más de 20 especies registradas), se distribuyen en diferentes zonas del parque siguiendo manchas de vegetación con más diversidad y con ambientes más variados. Quedan como áreas con menores riquezas las situadas a mayores altitudes y con poca o ninguna vegetación.  Destacan los robledales de las laderas que se extienden sobre el pueblo de Rascafría y los pinares a ambos lados del puerto de Navafría. También se identifican zonas con mayor número de especies en la ladera de Morcuera hacia Rascafría, la zona conocida como el Pinganillo y muy especialmente las Hoyuelas (figuras 1, 2 y 3). Igualmente son llamativas las abundancias específicas del Hueco de San Blas y las laderas sur de Morcuera. Las especies encontradas en estas áreas forestales conforman las comunidades forestales típicamente de montaña, con un conjunto de aves oriundas del pinar predominante, así como otras especies de bosques mixtos, robledales y matorrales cuando aparecen estas formaciones asociadas.
 
La mayoría de las cuadrículas con un menor número de especies (de 1 a 5), y una elevada proporción de las cuadrículas con un número escaso, de 6 a 10 especies, se distribuyen principalmente en las zonas de mayor altitud, esto es, las cumbres del Parque Nacional, y en las zonas de laderas rocosas más expuestas y con menor vegetación. Estos lugares corresponden a las zonas dominadas por los hábitats rupícolas, los pastizales de alta montaña y los piornales. En ellos, la riqueza de especies y la abundancia de aves descienden notablemente, aunque en las zonas de piornal pueden concentrarse altas densidades de aves durante el periodo de reproducción, siendo las alondras y acentores comunes y las tarabillas europeas los principales taxones representados.
 
Un grupo de especies siempre presente dentro del perímetro del parque es el de las aves rapaces. Las colonias de buitre negro de Rascafría y de La Pedriza, y las pequeñas colonias de buitre leonado distribuidas por varias zonas rupícolas de la sierra aportan un gran número de efectivos de este tipo de aves y la facilidad para detectarlas hace que cualquier persona esté viendo casi continuamente grandes aves en el parque. De forma mucho más escasa están representadas otras aves rapaces en categorías de amenaza más elevada, como el águila imperial ibérica o el águila perdicera.
 
Destaca la presencia de aves escasas y muy llamativas como el roquero rojo y el pechiazul. También especies que antes eran más abundantes y que, aunque han sido detectadas durante el trabajo de campo de este atlas, se encuentran en proceso de desaparición y apenas quedan ya representadas, es el caso del acentor alpino.